La collecte des échantillons biologiques est réalisée conformément au protocole soumis à la commission d’éthique (voir Gestion des échantillons biologiques: planification). Elle requiert une coordination étroite entre:
- Le personnel en charge des visites (incluant les participantes et les participants)
- Les personnes responsables du prélèvement
- Les personnes impliquées dans le transport des échantillons
- Le personnel de laboratoire chargé de la réception et de la préparation des échantillons
- Le laboratoire d’analyse en charge des mesures (immédiates ou ultérieures)
Un schéma de flux décrivant le cycle de vie des échantillons doit être établi. Il inclut:
- Type de matériel de prélèvement (tubes primaires)
- Type d’échantillons: sang, urine, etc., en fonction des biomarqueurs à analyser
- Volumes: volume initial de prélèvement, volume à préparer pour analyse immédiate ou conservation
- Conditions pré-analytiques: conditions de transport optimal, température, durée avant préparation et conservation, ou analyse directe
- Conditions de préparation pour conservation (long terme ou provisoire avant analyses): centrifugation, aliquotage, température de conservation, selon la destination des aliquots
Ces paramètres influencent l’organisation des visites (lieu, heure, fréquence), ainsi que le personnel impliqué.
Préparation du matériel et identification des échantillons
Le matériel de prélèvement (tubes, gobelets, écouvillons, etc.) doit être préparé de manière à garantir:
- Son identification de manière claire et lisible via des codes-barres (couplés à des indications alphanumériques)
- Le respect des exigences de confidentialité et de protection des données (ex: échantillons codés dès leur prélèvement)
- Que les métadonnées associées à la collecte (date, heure, température, etc.) puissent être retrouvées facilement (en les saisissant dans des instruments REDCap dédiés). La Swiss Biobanking Platfom (SBP) met à disposition des sets de variables de base.
- Son appariement avec les données de la participante ou du participant, via un outil de gestion des données de recherche permettant un suivi des modifications (REDCap de préférence)
Analyse des échantillons
Deux cas de figure sont possibles:
- Analyses sur matériel ‘frais’: sauf exception, le laboratoire partenaire d’Unisanté est Polyanalytic (interopérable avec REDCap et PulseMedica), dont leur catalogue d’analyses est disponible dans leur LabGuide.
- Analyses sur matériel congelé (analyses ‘en batch’): les aliquots prévus à cet égard sont stockés en attendant d’être envoyés au laboratoire choisi pour les analyses. Ce mode permet de collecter des échantillons en prévision d’analyses, prévues dans le protocole, qui doivent être groupées pour des raisons techniques, ou pour lesquelles un financement manque encore.
Conservation pour réutilisation
Lorsque des échantillons doivent être conservés pour des recherches futures non encore définies, ils doivent l’être dans une infrastructure de biobanque. Toute collection d’échantillons destinée à la valorisation doit obtenir la certification de la Swiss Biobanking Platfom (SBP), sous forme du label VITA, garantissant la conformité aux bonnes pratiques et à la réglementation (voir Gestion des échantillons biologiques: planification).
Liens utiles
- Page de la Roadmap Budget & recherche de fonds
- Séminaire Sample management and biobanking: Essentials for HRO projects, Swiss Clinical Trial Organisation (SCTO) Platforms, 4 décembre 2024
- Swiss Biobanking Platform (SBP), et https://swissbiobanking.ch/documents/
Documents de référence
- WMA Declaration of taipei on ethical considerations regarding health databases and biobanks, World Medical Association’s (WMA), adopté en 2002 et révisé en 2016
- ISBER Best Practices: Recommendations for Repositories, International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER) Best Practices, 5th Edition, 2023
- Guidelines for good research, Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure – European Research Infrastructure Consortium (BBMRI-ERIC)
- SBP Support documentation for biobanks and researchers, Swiss Biobanking Platform (SBP)
- SPHN Data Management Plan (DMP) Guidelines, Swiss Personalized Health Network (SPHN), version 1, 2001
Bibliographie
Betsou F, Bilbao R, Case J, et al. Standard PREanalytical Code Version 3.0. Biopreserv Biobank. Feb 2018;16(1):9-12.
Dernière révision le 07.10.2025
