Qui se ressemble, s’assemble! La génétique le démontre

Les partenaires se ressemblent davantage que ce que le hasard présagerait, ce qui laisse des traces dans le génome de leurs enfants. Des scientifiques de l’Unil et d'Unisanté ont développé une nouvelle méthode permettant de déduire ce phénomène à partir des génomes, sans connaître les couples ni leurs caractéristiques. Appliquée à plus de 440’000 personnes, cette approche suggère que la similarité génétique entre partenaires s’est accentuée au cours des générations récentes, spécialement pour la taille et le niveau d’éducation.

Les membres d’un couple se ressemblent souvent. Ils tendent à avoir des niveaux d’éducation et des modes de vie identiques et, dans une certaine mesure, des caractéristiques physiques semblables telles que la taille ou l’indice de masse corporelle. 

Ces ressemblances peuvent avoir de nombreuses origines. Les individus peuvent être attirés par des personnes présentant des traits proches des leurs, se rencontrer dans les mêmes milieux sociaux ou être issus de contextes socio-économiques et géographiques comparables. Les compagnons peuvent également devenir plus semblables avec le temps en partageant un même environnement et mode de vie. La sociologie le dit. Mais quid de la biologie?

Lorsque les personnes choisissent des partenaires présentant des caractéristiques équivalentes, les composantes génétiques associées à ces traits tendent, elles aussi, à être plus proches entre partenaires. Le groupe de recherche du Prof. Zoltán Kutalik, affilié au Département de biologie computationnelle de la Faculté de biologie et de médecine (FBM) de l’Unil, à Unisanté et au SIB (Swiss Institute of Bioinformatics), a trouvé un moyen de mesurer cette signature génétique, appelée appariement assortatif génétique.

La méthode, décrite dans une étude publiée le 17 août 2026 dans la revue Nature Human Behaviour, permet d’analyser différentes générations sans disposer de l’ADN des deux parents, uniquement à partir du génome de leurs enfants. Elle a été développée en collaboration avec la biobanque estonienne de l’Université de Tartu, ainsi que les universités italiennes de Turin, Bologne et Padoue.

Reconstituer un couple à partir d’un seul génome

L’étude de l’appariement assortatif génétique nécessitait traditionnellement de disposer d’un grand nombre de couples dont les deux partenaires avaient été génotypés. Or ces données restent rares, même dans les grandes biobanques.

Les chercheuses et chercheurs ont donc abordé le problème sous un autre angle. «Le génome d’une ou d'un enfant contient des informations génétiques provenant de chacun de ses parents», explique Robin Hofmeister, postdoctorant et premier auteur de l’article. «En séparant les chromosomes hérités du père de ceux hérités de la mère, nous pouvons recomposer une partie de la relation génétique entre les parents sans avoir besoin de leurs génomes complets.» 

Pour cela, l’équipe a prédit certains traits, comme la taille ou le niveau d’éducation, à partir de ces génomes parentaux reconstitués, en utilisant des milliers de variants génétiques déjà associés à ces traits par d’autres études.

Plus de 440’000 personnes participantes et 69 traits analysés

Les scientifiques ont appliqué cette méthode à 245’884 et 194'325 individus de biobanques britannique et estonienne respectivement, puis ont examiné 69 caractéristiques physiques, de santé, de cognition et de comportement. «Le principal avantage réside dans le nombre de personnes qu’il est possible d’étudier», ajoute Robin Hofmeister. «Chaque personne participante disposant de proches parents fournit des informations sur le génome de ses parents.» 

Cette nouvelle approche a ainsi permis d’obtenir treize fois plus d’observations: environ 440’000 couples partiellement reconstitués contre seulement 33’000 directement examinés. Cette augmentation majeure s’explique en particulier par le fait que les personnes ont généralement plusieurs proches parents mais une ou un seul partenaire. Il est donc plus probable qu’une ou un proche parent, plutôt qu’une ou un conjoint, soit inclus dans une biobanque. L’équipe a également utilisé les couples réellement observés comme référence, montrant que la nouvelle méthode reproduisait avec précision les phénomènes mis en évidence dans la réalité.

Les scientifique ont identifié des preuves d’appariement assortatif génétique pour 11 traits dans au moins une des deux populations analysées. Sept d’entre eux étaient présents dans les deux pays: 

• le niveau d’éducation
• la taille
• le temps passé à regarder la télévision 
• la capacité à résoudre de nouveaux problèmes, 
• la masse hydrique totale du corps
•  l’état de santé général autoévalué
• une mesure de la fonction pulmonaire

Le schéma global dévoilé était équivalent entre le Royaume-Uni et l’Estonie, ce qui suggère que certains des mécanismes façonnant le choix de partenaire sont communs à ces populations européennes.

Un signal plus fort dans les générations récentes

Grâce à l’augmentation considérable de la taille de l’échantillon pouvant être analysé, l’étude a examiné l’évolution de la similarité entre partenaires au fil du temps. Elle révèle un renforcement de l’appariement assortatif génétique dans les cohortes les plus récentes pour 11 traits sur 11 au Royaume-Uni et pour 10 traits sur 11 en Estonie. 

Dans la biobanque estonienne, les signaux d’appariement observés pour la taille comme pour le niveau d’éducation étaient plus de deux fois plus élevés chez les individus nés après 1980 que chez ceux nés en 1960 ou avant. Comme le génome des personnes participantes reflète les caractéristiques de leurs parents, ces différences offrent un aperçu des changements dans la formation des couples au cours du XXe siècle. 

La tendance observée pour l’éducation est cohérente avec les données sociologiques montrant que les individus rencontrent et forment de plus en plus souvent des couples au sein d’environnements identiques. Toutefois, ces résultats ne signifient pas que les personnes choisissent consciemment leurs partenaires en fonction de leurs gènes. «Nous ne déduisons pas les préférences individuelles à partir de l’ADN», souligne Robin Hofmeister. «Nous détectons plutôt l’empreinte de la sélection des partenaires au niveau phénotypique, à l’échelle de la population.»

Pourquoi la similarité entre partenaires est importante pour la recherche génétique

L’accouplement assortatif génétique ne se contente pas de rendre les partenaires plus semblables. «Il façonne la composition génétique de la population, modifie la manière dont l’ADN contribue aux traits et peut donner l’impression que les influences génétiques sont plus fortes qu’elles ne le sont réellement, ce qui peut également biaiser les recherches portant sur la contribution des facteurs de risque aux maladies complexes», indique Zoltán Kutalik, qui a dirigé les travaux. 

Cette question pourrait devenir de plus en plus importante à mesure que les biobanques recrutent des générations plus jeunes, chez lesquelles cette étude a mis en exergue des signaux d’appariement plus marqués.

Une méthode qui présente des limites

Cette approche nécessite que les biobanques contiennent suffisamment de données de proches parents pour permettre une reconstitution fiable des deux contributions génétiques parentales. Elle ne prend pas en compte les couples n’ayant pas eu d’enfant et a été limitée aux individus d’ascendance européenne. Enfin, le signal génétique détecté ne permet pas de faire la distinction entre le choix conscient d’une ou d'un partenaire et les influences environnementales. Il doit donc être interprété comme l’empreinte génétique combinée de plusieurs processus impliqués dans la formation des couples.

Les scientifiques espèrent désormais appliquer cette méthode à d’autres biobanques et à des populations plus diversifiées. Cela pourrait permettre de déterminer si les tendances générationnelles observées au Royaume-Uni et en Estonie se retrouvent ailleurs, et aider d’autres scientifiques à mieux prendre en compte les effets durables que les modes de formation des couples exercent sur le génome des populations.

Ce texte est tiré du site de l'Unil. 
©Département de biologie computationnelle & Communication FBM-Unil

Référence

Hofmeister, R.J., Marnetto, D., Cavinato, T. et al. Parental haplotype reconstruction in up to 440,209 UK and Estonian individuals reveals recent assortative mating dynamics. Nat Hum Behav (2026). https://doi.org/10.1038/s41562-026-02556-8