Forum de statistique: Modeling spatial transcriptomics data at super-resolution

Le Forum de statistique est organisé conjointement par le Département Epidémiologie et Systèmes de Santé (DESS) d’Unisanté et le Département de Biologie Computationnelle (DBC) de l’UNIL. Il s’agit de séminaires présentant des thématiques statistiques variées, que ce soit d’un point de vue théorique ou appliqué à la recherche scientifique. Ils durent généralement une heure et sont donnés en français ou en anglais.

Ce forum s’adresse aux chercheuses et chercheurs de toute institution, et à toute personne intéressée à la statistique.

Les séminaires ont généralement lieu en présentiel, en alternance sur les sites de Dorigny et du Biopôle à Lausanne. Certains séminaires pourront être suivis en visioconférence. L’entrée est libre et aucune inscription n’est nécessaire.

Thème du jour

Modeling spatial transcriptomics data at super-resolution

Résumé

Recent advances in sequencing- and imaging-based approaches have led to what is now called spatial transcriptomics (ST), enabling the unbiased quantification of all genes throughout a given tissue. The resulting data can then be analyzed to generate critical insights from a patient sample. For example, these insights can help select cancer treatment options and identify mechanisms of response and relapse to a specific treatment. Despite their extraordinary potential, ST data present significant challenges from the point of view of data analysis. In particular, the most commonly used platform (Visium, developed by 10X Genomics) does not provide single-cell resolution yet, preventing the exact localizations of individual cells within a tissue. Here, I will show how we can use a Bayesian data augmentation trick to permit statistical inference of ST data at near single-cell resolution.

Intervenants

• Prof. Raphael Gottardo, UNIL

Retrouvez les enregistrements vidéo des séminaires passés ici.